Введите в терминале:
perl -i -pe 's/Windows/Linux/;' test*
Чтобы провести ту же операцию во всех поддиректориях:
find. -name '*.txt' -print | xargs perl -pi -e's/Windows/Linux/ig' *.txt
Или вы хотите сделать то же самое для на обычных файлов со множеством переносов строк и странных символов (файл — в другой кодировке):
find -type f -name '*.txt' -print0 | xargs --null perl -pi -e 's/Windows/Linux/'